Mikan Sakura es una niña normal de 10 años. Optimista, enérgico y, en general, un niño muy dulce, Mikan es todo lo contrario de lo distante, inteligente y algo frío, Hotaru Imai. A pesar de sus evidentes diferencias, las dos chicas han sido mejores amigas durante mucho tiempo. Entonces, cuando Hotaru se transfiere repentinamente a Alice Academy, una prestigiosa escuela de la ciudad, su mejor amiga se siente devastada, especialmente cuando se entera de los horribles rumores sobre el trato cruel de los estudiantes por parte de la academia. Acosada por la preocupación, ¡Mikan se escapa para ver a su mejor amiga! A su llegada, Mikan se entera de “Alices”, individuos dotados con varias habilidades sobrenaturales, y que la escuela es una institución construida por el gobierno para entrenarlos y protegerlos. Al descubrir que ella tiene sus propios poderes únicos, Mikan se inscribe en la academia y, después de muchos problemas, finalmente se reúne con Hotaru. Gakuen Alice es una comedia conmovedora que sigue las aventuras de Mikan y sus amigas en la academia, así como su intento de descubrir los misterios que rodean a la problemática, estudiante de bomberos Natsume Hyuuga.
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