Después de un año en América, Kurisu Makise regresa a Akihabara y se reúne con Rintarou Okabe. Sin embargo, su reunión se interrumpe cuando Okabe comienza a experimentar destellos recurrentes de otras líneas de tiempo a medida que comienzan a manifestarse las consecuencias de su viaje en el tiempo. Estos efectos secundarios eventualmente culminan en que Okabe desaparece repentinamente del mundo, y solo el sorprendido Kurisu tiene algún recuerdo de su existencia. En medio de la desesperación, Kurisu se enfrenta a una elección verdaderamente ardua que pondrá a prueba tanto su deber como científica como su lealtad como amiga: siga los consejos de Okabe y evite viajar a través del tiempo para evitar las posibles consecuencias que pueda tener para ellos. líneas del mundo, o ignorarlo para rescatar a la persona que más aprecia. Independientemente de su decisión, el camino que elija es uno que afectará el pasado, el presente y el futuro.
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