A medida que aumentan las tensiones entre el mundo de la magia y Ciudad Academia, Touma Kamijou y su mano de negación deben enfrentarse tanto a Esper como a mago para proteger las vidas de quienes lo rodean. Por supuesto, él no está solo en su lucha; Ya sea a su lado o fuera de la vista, los aliados y los enemigos, tanto antiguos como nuevos, entrarán en la batalla para ayudarlo. Toaru Majutsu no Index II continúa la historia de la acción y la comedia, a medida que la escala de Touma y la batalla de sus aliados es cada vez mayor. Un conflicto se avecina lentamente en el horizonte, y la magia y la ciencia se cruzarán una vez más en la guerra venidera.
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Secuela: Toaru Majutsu no Index III