Ren Amamiya, un nuevo estudiante transferido de la Academia Shujin, es enviado a Tokio para vivir con su amigo de la familia Sojiro Sakura luego de haber sido puesto en libertad condicional por defender a una mujer de una agresión sexual. En el camino para asistir a su primer día en su nueva escuela, Ren se da cuenta de que ha aparecido una aplicación extraña en su teléfono y lo transfirió a un mundo conocido como el Metaverso, que contiene las “sombras” de las personas: representaciones distorsionadas de su verdadero ser.En el Metaverso, él despierta a su Persona, un poder desde lo profundo que le da la fuerza para luchar contra las sombras. Con la ayuda de estudiantes con problemas similares, forma a los ladrones fantasma de corazones, intentando salvar a las personas de sus deseos pecaminosos “tomando su corazón”, haciendo que los malhechores se arrepientan de sus acciones y dejen una nueva hoja. La reputación del grupo continúa creciendo de manera explosiva, trayendo la fama tanto positiva como negativa. Sin embargo, durante la cima de su popularidad, Ren es capturado y puesto en custodia. Aquí, se despierta ante un duro interrogatorio, pero esto se ve interrumpido por la llegada de Sae Niijima, un fiscal que busca respuestas. ¿Cómo reaccionará ella a su historia, y qué pasará con los ladrones fantasma?
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